Obydwa wyznania w latach dwudziestych zwiększyły liczbę wiernych w stosunku do okresu przedrewolucyjnego – nawet o kilkadziesiąt procent. W całym Rosyjskim Związku Baptystów było ok. 400 000 wiernych, a z nieochrzczonymi dziećmi jeszcze więcej. Wzrosła też liczba ewangelicznych chrześcijan, których mogło być niecałe 200 000. Przywódca tych drugich, Iwan Prochanow, z powodu swych inicjatyw i niespożytej energii był najbardziej znanym protestantem w Rosji.
Na początku 1922 r. Prochanow zwrócił się do wszystkich baptystów świata z wezwaniem „Głos ze Wschodu”, w którym nakłaniał do nie uczestniczenia w żadnych działaniach związanych z wojną. Światowy Związek Baptystów, którego Prochanow był wiceprezydentem, dość oględnie ustosunkował się do tego. Natomiast władze radzieckie uznały to za próbę wtrącania się do polityki i uwięziły Prochanowa. Wyszedł po trzech miesiącach, podpisawszy pismo uznające służbę wojskową za obowiązek. Problem ten wzbudził spory wśród ewangelicznych chrześcijan i baptystów. Najbardziej zdecydowani pacyfiści utworzyli osobne zbory. Wszystko to osłabiało ten odłam chrześcijaństwa w ZSRR.
W następnym roku wprowadzono prawa zmierzające do likwidacji religii w całym państwie. Uchwalono Ustawę o Religijnych Stowarzyszeniach, zgodnie z którą każda wspólnota religijna, np. zbór, musiała uzyskać rejestrację, czyli zgodę na istnienie. Działalność takowej ograniczono wyłącznie do spraw religijnych w miejscach do tego przeznaczonych. Zakazano działalności misjonarskiej. Zakazano prowadzenia spółdzielni i przedsiębiorstw, a nawet niesienia pomocy materialnej członkom wspólnoty. Nie wolno było organizować grup skupiających kobiety, dzieci czy młodzież. To wszystko utrwalała zmiana czwartego artykułu konstytucji, który stwierdzał, że „swoboda (...) antyreligijnej propagandy, jest przyznana wszystkim obywatelom”. Wymienione akty prawne czyniły z ateizmu religię państwową.
Złączenie tylu wyznań stanowiło niełatwe zadanie. Szczególnie zielonoświątkowcy nastręczali trudności z powodu swego mówienia językami na podobieństwo apostołów w dzień Zielonych Świątek. Ale władze dążyły do połączenia, sądząc, iż dzięki temu uda się kontrolować jednocześnie kilka wyznań. Bez wątpienia celem pozostała ich likwidacja, lecz na pewien czas postanowiono ustabilizować ich sytuację.
Gdy władzę objął Nikita Chruszczow i zaczęła się odwilż, wierzący nabrali nadziei, że polepszy się również w dziedzinie religii. Lecz nowe władze też zamierzały zniszczyć religię, choć innymi metodami. Ewangeliczni chrześcijanie-baptyści wkrótce je poznali. W 1959 r. reżim zmusił kierownictwo ZECHB do wprowadzenia zarządzeń zebranych w dwóch dokumentach: w Regulaminie Związku Ewangelicznych Chrześcijan-Baptystów oraz Instrukcji dla Starszych Prezbiterów.
Jeśli zbory dokładnie przestrzegałyby tych zarządzeń, ich życie musiałoby ograniczyć się do nabożeństw stale odprawianych przez tego samego prezbitera, o wiele skromniejszych niż dotychczas, bo pozbawionych niemal muzyki, deklamacji wierszy. Poza tym nie należałoby chrzcić nikogo przed ukończeniem 30 roku życia. Zaś duchowni winni zachęcać do uczestnictwa w radzieckiej kulturze, mimo jej antyreligijnych treści.
Do Regulaminu i Instrukcji ogół miał stosunek negatywny. W tej sytuacji ukonstytułowało się gremium przekonane, że zaistniały problem rozwiąże tylko zjazd przedstawicieli całego Związku. Żidkow i Karew, gdy przedłożono im propozycję zwołania zjazdu, odpowiedzieli odmownie, obawiając się negatywnej reakcji władz. Wówczas owe grono stało się Grupą Inicjatywną do Sprawy Zwołania Zjazdu, na czele której stanął Gienadij Krjuczkow. Grupa Inicjatywna zwróciła się z kolei do wszystkich zborów, by skłonić je do podjęcia radykalnych działań. Część z nich udzieliła jej pełnego poparcia. Ale kierownictwo Związku uważało nadal, że nie jest teraz odpowiedni czas na zorganizowanie zjazdu.
Inicjatywnicy – jak nazywa się tych ewangelicznych chrześcijan-baptystów – byli nieprzejednani. Nie przestraszały ich szykany, aresztowania, pozbawianie zborów rejestracji. Twierdząc, że przywódcy Związku Ewangelicznych Chrześciajan-Baptystów sprzeniewierzyli się Ewangelii, 23 lipca 1962 r. ich liderzy uznali się za jedyną, do czasu zjazdu, władzę ZECHB. Zaś 20 września 1965 r. utworzyli Radę Zborów Ewangelicznych Chrześcijan-Baptystów, czyli własną organizację kościelną.
Niełatwo ocenić to, co stało się na przełomie lat pięćdziesiątych i sześćdziesiątych. Jest faktem, że od czasu zjazdu zjednoczeniowego w 1944 r. przedstawiciele Związku nie spotykali się. Że jego kierownictwo było dość ustępliwe wobec władz. Jednak inicjatywnicy okazali swoim przywódcom brak posłuszeństwa, a także ignorowali warunki polityczne w ZSRR. W każdym razie na konflikcie zyskały władze. W jego wyniku z ZECHB zostali wyodrębnieni radykalni działacze, którzy później, jako członkowie niezarejestrowanych czyli nielegalnych zborów, w majestacie radzieckiego prawa byli prześladowani.
Związek Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów po oddzieleniu się inicjatywników nie przeżywał zastoju. Regulamin i Instrukcję już w 1963 r. pozwolono zastąpić Statutem Związku ECHB, w którym uwzględniono nawet niejeden postulat proponowany przez inicjatywników. Dzięki temu Związek stał się bardziej demokratyczny: jego najwyższą władzę stanowił Wszechzwiązkowy Zjazd. Życie religijne ograniczało się wprawdzie tylko do pomieszczeń udostępnianych przez władze, ale też każdy dom wierzącego był miejscem kultu. Brakowało Biblii, brakowało literatury chrześcijańskiej, pozwolono wydawać tylko jeden periodyk „Bratskij Westnik”.
Na Zachodzie działały jednak organizacje, które niosły pomoc chrześcijanom w ZSRR, np. niemiecka Licht im Osten czy amerykańska Slavic Gospel Association. Organizowały one przemyt Biblii, książek i czasopism. Bardzo ważne były audycje chrześcijańskich rozgłośni: Trans World Radio i Voice of Andes, nadających po rosyjsku i w innych językach używanych w Związku Radzieckim.
Wciąż problem stanowiło utrzymanie jedności organizacyjnej. Wprawdzie z Rady Zborów Ewangelicznych Chrześcijan-Baptystów wracali kolejni wierni do ZECHB, lecz kilkanaście tysięcy inicjatywników zdawało się przekonanych, iż reprezentują prawdziwe chrześcijaństwo ewangeliczne. Nadto działały dziesiątki zborów, głównie zielonoświątkowców, które nie chciały należeć do ZECHB, a których część uzyskała nawet osobną rejestrację. Wobec tego kierownictwo Związku, aby utrzymać jedność, prowadziło rozmowy z grupami odłączonymi, starało się zażegnywać konflikty mogące spowodować rozłamy.
W ostatnich dekadach ZSRR zbory ZECHB cieszyły się pewną stabilizacją, ale „sekta baptystów” - wcale niemała, bo licząca pół miliona wiernych - nie mogła odgrywać znaczącej roli w społeczeństwie, jak w latach dwudziestych. Władze robiły wszystko, by ograniczyć jej wpływy. Raczej nikt, kto do niej należał nie mógł ukończyć wyższych studiów i objąć znaczącego stanowiska. W 1974 r. nakład dwumiesięcznika „Bratskij Westnik” zwiększono do tysiąca egzemplarzy, a zatem na jeden zbór nie przypadał nawet jeden egzemplarz – zborów było ok. 2500. Już ten fakt świadczy, jak niewielkie możliwości oddziaływania posiadał ZECHB. Pomimo tego ewangeliczni chrześcijanie-baptyści prowadzili działalność, a ich liczebność nawet rosła: nowi członkowie zborów rekrutowali się z tworzących je często wielodzietnych rodzin oraz osób ze świata.