Instytuty badawcze zarabiają na działalności gospodarczej, między innymi wynajmując lokale. Tylko połowa z nich osiąga jakiekolwiek zyski z gospodarowania własnością intelektualną. Choć w przypadku żadnego instytutu nie przekroczyły one 4% ogółu przychodów, to instytucje te nie płaciły podatku dochodowego, zwykle wykorzystując zapisy o zwolnieniu z tytułu prowadzenia działalności badawczej.
Pozytywna ocena, jaką instytuty badawcze dostały od NIK w zakresie gospodarowania posiadanym majątkiem, jest spowodowana przede wszystkim tym, że utrzymywały one płynność finansową, a ich sytuacja ekonomiczna pozwalała na realizację zadań, do których zostały powołane. W okresie objętym kontrolą na 32 instytuty tylko pięć nie osiągnęło zysku z prowadzonej działalności. Wśród pozostałych dziesięć regularnie uzyskiwało wysoką rentowność, odnotowując zyski netto przekraczające nawet 1 mln zł. NIK zwraca jednak uwagę, że tylko połowa instytutów osiąga jakiekolwiek zyski z działalności, do której zostały powołane, czyli z gospodarowania własnością intelektualną. W żadnym przypadku korzyści ze sprzedaży praw do wynalazków lub udzielania licencji na ich wykorzystanie nie przekroczyły 4% całości przychodów.
Tymczasem 24 instytuty, które uzyskiwały przychody z działalności gospodarczej, nie odprowadzały od niej podatku dochodowego. Było to możliwe, ponieważ do października 2010 r. ich działalność (ale tylko podstawowa, związana z pracami badawczymi i rozwojowymi) podlegała zwolnieniu z opodatkowania. Mimo, że praktyka wynajmowania lokali była stała, a taka forma zarabiania jest traktowana przez fiskusa jako działalność gospodarcza, to jedynie sześć instytutów odprowadziło należny podatek. Dziewiętnaście skorzystało ze zwolnienia podatkowego (np. Instytut Technik Innowacyjnych EMAG w Katowicach, Instytut Przemysłu Skórzanego w Łodzi, Instytut Chemii Przemysłowej w Warszawie.), a pięć (np. Instytut Obróbki Plastycznej w Poznaniu, Instytut Technologii Drewna w Poznaniu, Instytut Pojazdów Szynowych „TABOR” w Poznaniu) w ogóle nie wyodrębniło z podstawowej działalności badawczo-rozwojowej, pod względem finansowym i rachunkowym, działalności gospodarczej i w konsekwencji nie zadeklarowało żadnych dochodów z nią związanych.
NIK zwraca również uwagę, że 75% instytutów, które zarabiały na wynajmowaniu lub wydzierżawianiu nieruchomości, nie posiadało stosownych zapisów w statutach, pozwalających na takie wykorzystanie majątku. W 13 instytutach stwierdzono przypadki sprzedaży lub wydzierżawienia mienia z naruszeniem procedur. Najczęściej chodziło o brak wyceny lub zgody Ministra Skarbu na rozporządzenie mieniem o wartości przekraczającej 50 tys. euro. Zdarzały się przypadki, że wynajmowano nieruchomość bez przeprowadzenia przetargu. To sprzyjało - zdaniem NIK - możliwości wystąpienia korupcji.
W czterech (np. Instytut Spawalnictwa w Gliwicach, Instytut Mechaniki Precyzyjnej w Warszawie, Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich w Poznaniu). instytutach kontrolerzy odkryli nieprawidłowości przy udzielaniu zamówień na zakup aparatury badawczej. Polegały one na nieokreślaniu istotnych postanowień umów oraz na braku oświadczeń członków komisji przetargowych o braku konfliktu interesów. Zdarzało się też, że gdy w procesie podejmowania decyzji powinny brać udział minimum dwie osoby, decyzje zapadały jednoosobowo.
NIK ma także poważne zastrzeżenia do wypełniania przez instytuty obowiązków właściciela lub zarządcy posiadanych nieruchomości. Aż 20 spośród 32 skontrolowanych instytutów nie przeprowadzało w terminie i wymaganym zakresie okresowych kontroli stanu technicznego obiektów. Jednocześnie ponad połowa instytutów ponosiła dodatkowe koszty z tytułu nieterminowego regulowania swoich zobowiązań, a blisko jedna trzecia nieprawidłowo lub nieskutecznie egzekwowała spłatę swoich należności (np. czynszów).