W analizie wykonania budżetu państwa za 2005 r. NIK przyjrzała się także finansom, jakimi dysponowało ministerstwo nauki, ulegające w 2005 r. kilkukrotnym reorganizacjom.
Po skontrolowaniu dotacji podmiotowych w tym obszarze okazało się, że najwyższe kwoty przekazano na dofinansowanie zadań realizowanych przez państwowe szkoły wyższe (8 696,3 mln zł), pozostałe jednostki sektora finansów publicznych (2.984,1 mln zł), jednostki naukowe (1.872,7 mln zł) i jednostki nie zaliczane do sektora finansów publicznych (1.026,6 mln zł).
Dotacje podmiotowe dla szkół wyższych zrealizowano w kwocie 7 406,7 mln zł, z tego przekazując kwotę 5 996,8 mln zł na finansowanie działalności dydaktycznej 94 państwowych szkół wyższych nadzorowanych przez Ministerstwo Edukacji Narodowej i Sportu, Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, trzech uczelni wojskowych oraz 132 uczelni niepublicznych, a także na pomoc materialną dla studentów uczelni publicznych i niepublicznych w kwocie 1 409,9 mln zł. Ponadto na dotacje podmiotowe dla jednostek sektora finansów publicznych przekazano dla Fundacji Zakład Naukowy im. Ossolińskich kwotę 11,7 mln zł na wykonanie zadań państwowych związanych z utrzymaniem, pomnażaniem i upowszechnianiem zbiorów Narodowej Biblioteki Ossolineum oraz kwotę 0,3 mln zł na zadania realizowane przez Parlament Studentów Rzeczypospolitej Polskiej.
Dotacje podmiotowe dla jednostek naukowych i na badania własne szkół wyższych.
Na finansowanie lub dofinansowanie działalności statutowej jednostek naukowych udzielono dotacji podmiotowych w kwocie 1 466,4 mln zł. Dotację podmiotową na działalność statutową przeznaczono dla 514 jednostek podstawowych w 104 szkołach wyższych, 78 placówek naukowych PAN, 181 jednostek badawczo-rozwojowych oraz Polską Akademię Umiejętności, Fundację Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, KGHM CUPRUM Sp. z o.o. Centrum Badawczo-Rozwojowe, Centrum Techniki Okrętowej S.A. - Zakład Badawczo-Rozwojowy i OBR Sprzętu Mechanicznego Sp. z o.o. Na badania własne przekazano 108 szkołom wyższym (104 państwowym szkołom wyższym oraz 4 niepaństwowym) dotację podmiotową w kwocie 157,5 mln zł, z tego nadzorowanym przez Ministra Edukacji Narodowej i Sportu ? 124,8 mln zł (79,2%), Ministra Kultury ? 1,2 mln zł (0,8%), Ministra Zdrowia ? 25,3 mln zł (16,1%), Ministra Obrony Narodowej - 4,9 mln zł (3,1%), Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji - 0,3 mln zł (0,2%), Ministra Transportu i Budownictwa 0,9 mln zł (0,6%).
Wydatki na wynagrodzenia w całej państwowej sferze budżetowej były niższe od planu po zmianach centralnych. Mimo to, w dwóch częściach budżetowych stwierdzono ich przekroczenie.
Przekroczenie o 0,4 mln zł wydatków na wynagrodzenia w części 27 ? Informatyzacja - wynikało z rozdysponowania przez Ministra Nauki i Informatyzacji w okresie 10 miesięcy 118% planowanych na 2005 r. wydatków na wynagrodzenia osobowe, podczas gdy stosowny upływ czasu wynosił 83%.
Stwierdzone po raz kolejny przekroczenie w części 28 -Nauka - o 0,3 mln zł w 2005 r. było wynikiem wprowadzonych zmian organizacyjnych, skutkującym zwiększeniem wynagrodzeń dla 37 osób oraz wypłatą wynagrodzeń dla 8 osób przeniesionych z części 27 - Informatyzacja. Dokonanie wydatku ze środków publicznych bez upoważnienia albo z przekroczeniem zakresu upoważnienia jest naruszeniem dyscypliny finansów publicznych.